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上海市针灸经络研究所的前身是上海市针灸研究所（1958年成立）和上海市经络研究所（1964年成立）。1971年针灸研究所、龙华医院、经络研究所合并成立上海市中医研究所。1980年上海市针灸经络研究所恢复成立。2002年为了促进科研与临床的紧密结合，上海市针灸经络研究所与岳阳医院合并。上海市针灸经络研究所（简称针研所）是上海中医药研究院和上海中医药大学下属研究机构，也是我国最早建立、规模最大的针灸专业研究机构之一。
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