广西凭祥综合保税区是我国第四个获得国务院批准设立的综合保税区，也是中国第一个在陆地边境线上设立的综合保税区，以全面服务中国－东盟自由贸易区，加快推进广西北部湾经济区建设为使命，充分发挥陆路口岸优势，积极参与东盟市场乃至欧美市场的产业分工，建设成为国际贸易繁荣、进出口加工发达、综合物流功能完善的开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全完善的海关特殊监管区域；利用外资的重要区域和特殊渠道；形成中国——东盟自由贸易区各成员国之间以及与世界各国开展国际贸易、保税物流集散以及加工贸易的重要基地。
广西凭祥综合保税区作为广西北部湾经济区开放开发的重要平台，以及服务于中国——东盟自由贸易区贸易往来，集口岸、国际贸易、保税物流、保税加工、国际配送等功能于一体的国际经济合作区域，享受国内货物入区视同出口立即退税、境外入区产品实行保税、区内企业建设所需物品免关税和进口环节税、境外货物入出区免许可证和出口配额、区内企业运往境外或在区内销售的产品免加工环节增值税，区内企业间货物交易免征增值税和交易税，宽松的外汇管理等特殊政策。