西藏自治区人民检察院昌都分院坐落于澜沧江源头扎曲河畔，始建于1964年12月，内设办公室、政治部、纪检组（监察处）、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所林业检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、计划财务装备处、检察技术处、政研（编译）室、法警支队15个职能处（室）局，另设后勤服务中心。分院下辖11个县基层人民检察院。