吉林出入境检验检疫局是于1999年由原吉林进出口商品检验局、长春动植物检疫局和长春卫生检疫局合并组建，是主管吉林省出入境卫生检疫和进出境动植物检疫，以及进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法机构，直属国家质量监督检验检疫总局领导。
吉林出入境检验检疫局在全省设有11个分支检验检疫机构：延边、珲春、通化、白城、集安、长白检验检疫局，长春机场、汽车产业开发区、临江、吉林、图们检验检疫办事处，并在中俄、中朝边境以及机场、铁路等重要口岸设立了口岸办事处。该局重视科技队伍的发展，人才技术过硬，实验室设备完善，确保了吉林省出入境人员健康和国家经济安全。