北京市第三十九中是一所既有古老传统文化，又充满现代化气息的完全中学，其前身是始建于清末的光华女中和创办于1946年的耕莘中学两所寄宿制教会学校，1952年北京市政府将这两所学校合并，正式命名为北京市第三十九中学。
学校坐落在北京市西城区西黄城根北街，是北京城市的中心地带，南邻中央所在地中南海，北接宽敞的平安大街，东与北京西什库教堂一墙之隔，西连西四阜景繁华大街。
北京市第三十九中现校舍是近年内市区两级政府投资近亿元，于2002年建成的一座以六层教学大楼为主立体建筑的新校舍。主体建筑面积18000平方米，可容纳32个教学班。
学校整体布局合理，环境优美典雅，建筑设计新颖，教育教学设施完善。现有24个教学班，其中外国学生班10个，在校学生近千人。在职教职工130人，专任教师70余人，高级职称教师约占40%。