三元中学始建于1989年，1995年与苏州市第一中学联合办学，成立苏州市第一中学校分校，是苏州教育史上第一所新村配套中学与百年名校苏州一中联合办学的先行学校，也是苏州市教育局直属公办初级中学，现为江苏省首批实施教育现代化工程示范初中、省青少年科技教育特色学校、省教育科学研究院科研实验基地、苏州市教育现代化初中、苏州市双语教学实验学校。
三元中学位于苏州市干将西路1358号，毗邻苏州市人民政府和苏州高新区，占地面积32000平方米，校舍面积12000平方米，现有班级30个，在籍学生1400余名，教职员工123人。其中中高级职称教师81人，优秀师资比例居市直属初中前茅。